Historia parafi sięga 1440 roku, kiedy to na Górze Siedliskowej wzniesiono drewniany kościół. W wieku XVI do parafii trafiły Relikwie Drzewa Krzyża Świętego. Zostały umieszczone w srebrnym relikwiarzu w kształcie krzyża z płaskorzeźbą Chrystusa oraz symbolami czterech Ewangelistów ufundowanym przez Mikołaja Ostrowskiego.
W 1646 roku dzięki staraniom ks. Wojciecha Liszkowicza oraz hojności parafian nowa murowana świątynia zastąpiła drewnianą. Kolejne lata to następne zmiany. Obecny wygląd świątyni w dużej mierze zawdzięcza się działalności ks. Augusta Żołątkowskiego, który od objęcia parafii w 1853 roku przeprowadził wiele prac remontowych. Między innymi odnowił ołtarze, obrazy, ławki, konfesjonały, wykonał schody kamienne przed świątynią. W 1866 roku założył i obmurował nowy cmentarz.
W roku 1870, ponieważ kościół był za mały by pomieścić wiernych, ks. August z pomocą parafian, powiększył świątynię i wybudował dzwonnicę. W roku 2014 zostały wprowadzone relikwie św. Rafała Kalinowskiego. Uroczystość ta rozpoczęła rozwój kultu świętych i błogosławionych w brzezińskiej parafii. Od tego czasu do świątyni przybywają nowe relikwie patronów.