Pierwsze informacje na temat wsi Skotniki pochodzą z II poł. XIII w. Przynależała ona do klasztoru oo. cystersów w Koprzywnicy.
Kościół i parafia zostały ufundowane w 1347 r. przez Jarosława Bogorię Skotnickiego, arcybiskupa gnieźnieńskiego. W XVIII w. kościół został rozbudowany poprzez wykonanie przedsionka do zakrystii i pomieszczenia nad nią oraz kruchty przy nawie od południowej strony.
Świątynia odnawiana była w poł. XVIII w., a następnie po zakończeniu II wojny światowej oraz pod koniec XX w.
Świątynia wybudowana jest z cegły układanej w wątku polskim i należy do grupy gotyckich kościołów jednofilarowych, charakterystycznych dla czasów Kazimierza Wielkiego. We wnętrzu kościoła zachowały się resztki gotyckiej polichromii ze scenami z życia Chrystusa. Nawę zdobi stiukowa dekoracja, wykonana około 1770 roku. W centrum rokokowego ołtarza głównego umieszczony jest rzeźbiony krucyfiks, flankowany posągami patrona kościoła św. Jana Chrzciciela oraz MB Bolesnej. Ambona posiada bardzo bogatą dekorację snycerską, powiązaną z dekoracją boazerii ścian prezbiterium.