Prepozytura w Białaczowie istniała prawdopodobnie w pierwszej połowie XII w., wkrótce potem przekształciła się ona w parafię. Właściwym założycielem parafii był w połowie XIII w. krakowski biskup Prandota z Białaczowa, który nadał jej też uposażenie.
Pierwotny murowany kościół pw. św. Jana Chrzciciela wybudowany został około połowy XIII w. przez bp. Jana Prandotę, który pochodził z Białaczowa. Według dokumentów sądu gnieźnieńskiego z 1432 kościół był stary i „od dawna istniejący". W początkach XVI w. w Białaczowie był kościół pw. św. Jana Chrzciciela i św. Stanisława bp. w części drewniany, a w części murowany.
W latach 1694 - 1696 przebudowano cały kościół tzn. dobudowano znacznie większą murowaną nawę. Konsekrował kościół 20 sierpnia 1932 bp. Włodzimierz Jasiński. Pierwotnie świątynia była kryta gontem, w 1947 pokryto ją blachą. W 2016 zmieniono pokrycie dachu nad prezbiterium na blachę aluminiowo-cynkową. Kościół jest orientowany, zbudowany na planie krzyża, w stylu barokowym, murowany.