Choć historia parafii w Pierzchnicy sięga wielu wieków wstecz, obecna świątynia ma znacznie młodszą historię.
Już dokumenty z XIV stulecia potwierdzają istnienie parafii w Pierzchnicy. Jan Długosz, kronikarz i historyk z XV stulecia, pisze z kolei o drewnianym kościele pod wezwaniem św. Małgorzaty.
Kościół trwał przez wieki otoczony większą lub mniejszą opieką. Dokumenty z XVIII wieku mówią, że jego stan nie był najlepszy, a wyposażenie skromne, Najprawdopodobniej świątynia była już wtedy za mała na rosnące potrzeby parafii. Pod koniec tego stulecia Maciej Sołtyk i jego małżonka, Małgorzata, ufundowali nowy kościół. Stoi on do dziś w innym miejscu niż pierwotna świątynia, którą ostatecznie rozebrano w 1840 roku.
Obecny kościół zachwyca spokojem swojej klasycystycznej elewacji i prostym układem prostokątnej nawy i zamkniętego absydą prezbiterium
Wewnątrz zwróć uwagę na 4 ołtarze. Jeden z bocznych ołtarzy, przedstawiający scenę ukrzyżowania, pochodzi z dawnej świątyni z Pierzchnicy.