Jego początki sięgają przełomu lat 1109–1118, kiedy został erygowany przez biskupa krakowskiego Maura na prośbę Siemiana z rodu Niegodziców. W XIII w. akt erekcji odnowił biskup Iwo Odrowąż. Świątynia przeszła wiele zniszczeń, zwłaszcza podczas najazdu tatarskiego w 1241 r. oraz w czasie potopu szwedzkiego w 1657 r., kiedy to kościół i miasto zostały spalone. Po tych wydarzeniach kościół odbudowano w stylu barokowym, a w kolejnych stuleciach był wielokrotnie przebudowywany i odnawiany, między innymi po pożarach w latach 1906 i 1944. W 2008 r. papież Benedykt XVI nadał mu rangę bazyliki mniejszej. Architektura kościoła łączy w sobie elementy gotyckie oraz barokowe i późnorenesansowe, które pojawiły się podczas odbudowy po zniszczeniach z XVII w. Budowla murowana ma zwartą bryłę z wysokim dachem oraz wieżą. Od południa przylega do niej późnorenesansowa kaplica Pana Jezusa z 1633 r., wyposażona w barokowy ołtarz, oraz kaplica św. Anny powstała w 1610 r. Wnętrze kościoła zdobi polichromia wykonana w XX w., a ołtarze i wyposażenie reprezentują styl barokowy. W kaplicy Pana Jezusa znajduje się również słynna figura Ukrzyżowanego Jezusa z XIII w., uznawana za cudowną.
Obecnie kościół pełni funkcję sanktuarium Jezusa Konającego i stanowi ważne miejsce pielgrzymkowe w regionie. Akt erekcji kościoła, zachowany w kopii z 1219 roku, jest najstarszym znanym dokumentem fundacji kościoła wiejskiego w Polsce i świadectwem długiej historii tego miejsca.